目前，蒙内铁路每天对开一列客车，均为蒙巴萨和内罗毕间的直达列车，运行时间约4小时40分钟。蒙内铁路目前实行优惠票价，即单程二等座700先令（约7美元），一等座3000先令（约30美元）。优惠季结束后，单程二等座票价将调至900先令，但仍将低于公交车价格。公交车价格约为1400先令。
由于价格适中、乘坐舒适、用时较短、相对安全，铁路已成为肯尼亚两大城市间出行的重要交通方式。未来一段时间，蒙内铁路将视情加开列车车次，以满足日益增长的乘客需要。
蒙内铁路由中国路桥提供运营服务，运营合同为10年。蒙内铁路全线472公里，采用中国标准、技术、设备。
