《神农本草经》3卷，分上中下三篇。[魏]吴普等述，[清]孙星衍、孙冯翼同辑，商务印书馆刊入《丛书集成》初编本。
孙氏序云：“吴普《本草》宋时已佚，惟见《艺文类聚》、《初学记》、《后汉书注》、《事类赋》、《太平御览》诸书，多有引据。”颜之推《家训》乃云：《本草》神农所述。吴普所称，有神农说，即是本经。
《神农本草》在战国、秦汉时就有流传。
卷 一
上经
上药一百二十种，为君，主养命以应天，无毒，多服，久服不伤人，欲轻身益气，不老延年者，本上经。
吴普《本草》曰：丹沙，神农甘，黄帝苦，有毒。(《御览》卷九八五引)
吴普曰：太一禹余粮，一名禹哀，神农、岐伯、雷公甘平。(《御览》卷九八八引)
吴普曰：人参一名土精，一名神草。神农甘，小寒；岐伯、黄帝甘，无毒。(《御览》卷九九一引文小异)
卷 二
中经
中药一百二十种，为臣，主养性以应人，无毒有毒，斟酌其宜，欲遏病补羸者，本中经。
雄黄，味苦平寒，主寒热，鼠瘘恶创疽痔死肌，杀精物，恶鬼，邪气百虫毒，胜五兵，炼食之，轻身神仙，名黄食石，生山谷。
吴普曰：雄黄，神农苦。
当归，味甘温，主欬逆上气，温疟寒热，洗在皮肤中，妇人漏下绝子，诸恶创疡金创，煮饮之，一名乾归，生川谷。
吴普曰：当归，神农、黄帝、桐君、扁鹊甘无毒，岐伯、雷公辛无毒。(《御览》卷九八九引，文小异)
吴普曰：蜚廉虫，神农、黄帝云：治妇人寒热。(《御览》引)
卷 三
下经
下药一百二十种，为佐使，主治病以应地，多毒，不可久服，欲除寒热邪气，破积聚，愈疾者，本下经。
白及，味苦平，主痈肿、恶创、败疽、伤阴、死肌、胃中邪气、贼风鬼击、痱缓不收，一名甘根，一名连及草，生川谷。吴普曰：神农苦，黄帝辛，雷公辛无毒。(《御览》卷九九O引，文小异)
药有君臣佐使，以相宣摄合和，宜用一君、二臣、三佐、五使，又可一君、三臣、九佐使也。
药有阴阳配合，子母兄弟，根茎华实，草石骨肉，有单行者，有相须者，有相使者，有相畏者，有相恶者，有相反者，有相杀者，凡此七情合和时之当用。相须相使者良，勿用相恶相反者，若有毒宜制，可用相畏相杀者，不尔，勿合用也。
本草经佚文
上药令人身安命延，升天神仙，遨游上下，役使万灵，体生毛羽，行厨立至。(《抱朴子内篇》引《神农经》，据《御览》校)
中药养性，下药除病，能令毒虫不加，猛兽不犯，恶气不行，众妖并辟。(《抱朴子内篇》引《神农经》)
太一子曰：凡药上者养命，中者养性，下者养病。(《艺文》引《本草经》)
太一子曰：凡药上者养命，中药养性，下药养病。神农乃作赭鞭钩●从六阴阳，与太乙外巡五岳四渎，土地所生草石，骨肉心灰，皮毛羽，万千类，皆鞭问之，得其所能治主，当其五味，一日七十毒。(《御览》卷九八四引《本草经》)
《神农经》曰：上药养命，谓五石之练形，六芝之延年也；中药养性，合欢蠲忿，萱草忘忧；下药治病，谓大黄除实，当归止痛。夫命之所以延，性之所以利，病之所以止，当其药应以病也，违其药，失其应，即怨天尤人，说鬼神矣。(《博物志》卷四引)
神农稽首再拜，问于太乙子曰：曾闻之时寿过百岁，而徂落之咎，独何气使然也?
太乙子曰：天有九门，中道最良。神农乃从其尝药，以拯救人命。(《御览》引《神农本草》)
药物有大毒，不可人口鼻耳目者，即杀人。一曰钩吻，二曰鸱，三曰阴命，四曰内童，五曰鸩羽，六曰●●。(《博物志》引《神农经》)
药种有五物，一曰狼毒，占斯解之；二曰巴豆，藿汁解之；三曰黎，卢汤解之；四曰天雄乌头，大豆解之；五曰班茅，戎盐解之；毒菜害小儿，乳汁解，先食饮二升。(《博物志》引《神农经》)
春夏为阳，秋冬为阴。春为阳，阳温生万物。(《文选》注引《神农本草》)
《养生要略》曰：《神农经》曰：五味养精神，强魂魄；五石养髓，肌肉肥泽。诸药，其味酸者，补肝，养心，除肾病；其味苦者，补心，养痹，除肝病；其味甘者，补脾，养肺，除心病；其味辛者，补肺，养肾，除脾病；其味咸者，补肾，养肺，除肝病。故五味应五行，四体应四时。夫人性生于四时，然后命于五行。以一补身，不死命神。以母养子，长生延年。以子守母，除病究年。(《御览》卷九八四引)
《吴氏本草》曰：紫石英，神农、扁鹊甘、气平，李氏大寒，雷公大温，岐伯甘、无毒。生太山或会稽。
《吴氏本草》曰：白石英，神农甘，岐伯、黄帝、雷公、扁鹊无毒。生太山，形如紫石英。
又曰：硫黄，一名石硫黄。神农、黄帝、雷公咸，有毒；医和、扁鹊无毒。或生易阳，或生河西。
又曰：玉石脂，神农甘，雷公酸，无毒。
又曰：钟乳，一名虚中，神农辛，桐君、黄帝、医和甘，扁鹊甘，无毒，李氏大寒。或生太山。(以上五则《御览》九八七引)
《吴氏本草》曰：麦门冬，一名羊韭……一名禹余粮……。神农、岐伯甘平，黄帝、桐君、雷公甘，无毒，李氏甘，小温，扁鹊无毒。生山谷肥地，……实青黄。(《御览》卷九八八引 )
《吴氏本草》曰：胡麻，一名方金，一名狗虱。神农、雷公甘乎，无毒，立秋采。
《吴氏本草》曰：附子名莨，神农辛，岐伯、雷公甘，有毒；李氏苦，有毒，大温。或生广汉。(上二则《御览》卷九八九引)
《吴氏本草》曰：乌头，一名莨……。神农、雷公、桐君、黄帝甘，有毒。正月始生，叶厚茎方中空，叶四面相当，与蒿相似。
《吴氏本草》曰：狗脊，一名狗青……。神农苦，桐君、黄帝、岐伯、雷公、扁鹊甘，无毒，李氏温。(上二则《御览》卷九九O引)
《吴氏本草》曰：防风，一名回云，一名回草……。神农、黄帝、桐君、岐伯、雷公、扁鹊甘，无毒，李氏小寒。或生邯郸、上蔡。……琅邪者良。(《御览》卷九九二引)
《吴氏本草》曰：桔梗，一名符扈……，神农、医和苦，无毒；扁鹊、黄帝咸；岐伯、雷公甘，无毒；李氏大寒。叶如荠苨，茎如笔管，紫赤。二月生。(《御览》卷九九三引)
《吴氏本草》曰：麻子中人，神农、岐伯辛，雷公、扁鹊无毒。
又曰：葛根，神农甘，生太山。(《御览》卷九九五引)
